Deve ter começado a ser edificada logo que se iniciaram as primeiras obras no Seminário, visto que em 1794 já o templo era utilizado. Todavia, só foi sagrada em 1805, por D.Manuel Joaquim da Silva, provisor do Grão-Priorado do Crato e arcebispo de Adrianópolis. Este templo, dedicado a São João Baptista, conheceu diversas alterações no período seguinte, devido sobretudo às intempéries que assolaram esta região do país e também a algumas invasões militares, como a perpetrada por tropas espanholas no início do século XIX. Em 1833, foi construída uma nova torre e anos depois avançaram importantes obras de reforma do templo. Após várias peripécias no período da I República, com a igreja a ser laicizada e mesmo profanada, a mesma voltou a ter culto a 31 de julho de 1928.
